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「青蓮百奧干貨」蛋白注釋利器Uniprot的玩法!

2021-01-28 00:00:00

近日有粉絲向小編求生信科普文章,怎奈我們生信團隊過于忙碌,無暇安排,小編為了滿足粉絲要求也是無所不用其極,生信大師兄終于被我的良(ku)苦(kou)用(po)心而感動,加班趕制這篇Uniprot數據庫的應用文章,快來一起學習吧!

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Uniprot(https://www.uniprot.org/)是信息最豐富、資源最廣的蛋白質序列數據庫,整合Swiss-Prot、TrEMBL 和 PIR 三大數據庫的數據而成。怎樣用uniprot對需要的蛋白進行注釋呢?那我們就用uniprot數據庫對一些微生物蛋白進行分型,找到這些蛋白對應的界門綱目科屬種的注釋信息。


首先,打開uniprot數據庫的網站,找到ID mapping。

微信圖片_20210308105145.png

進入IDmapping后,把需要注釋的蛋白id導入Provide your identifiers里面。Select options選擇默認選項就可以。導入蛋白完成后,點擊Submit。

微信圖片_20210308105150.png


其次,等網站注釋完成后,會跳轉到蛋白注釋頁面,里面有一些蛋白的基本注釋結果,比如entry,entryname,genename,length等等注釋。沒有我們需要的分型注釋。下面就需要我們把需要的注釋信息調出來。點擊columns;

微信圖片_20210308105153.png



其中,紅色標注的是剛才的注釋信息,下面還有更多的信息和其他數據庫的注釋信息。


微信圖片_20210308105157.png


比較重要的有蛋白,序列,長度,功能,表達,亞細胞,GO,標志物等等大量的注釋信息。還有關聯的string蛋白互作數據庫,ensemble數據庫等等常用數據庫。


以及生物分類需要的Taxonomic lineage數據庫,如圖所示:


微信圖片_20210308105201.png


點擊選擇界(Kingdom)、門(Phylum)、綱(Class)、目(Order)、科(Family)、屬(Genus)、種(Species)。然后點擊右上角的SAVE進行保存。

保存完畢后,網頁會自動跳轉到注釋結果頁面,里面就會顯示剛才勾選的注釋信息。

微信圖片_20210308105204.png


這些蛋白的所在的生物分類就可以一目了然了。

當然,如果還想需要其他的注釋信息,可以根據自己的需求,勾選需要的,去掉不需要的。最后,得到了需要的注釋信息,我們可以把注釋信息下載下來,下面推薦excel格式的。

微信圖片_20210308105207.png



下載到本地后的數據格式為:

微信圖片_20210308105210.png




總結

uniprot對蛋白的注釋不僅全面,還很方便,只需要知道蛋白id,只需要按照上面的教程,得到大量的注釋信息。例如,得到蛋白的生物分類,再加上蛋白在樣本里面的定量信息,在進行進一步的生信分析,就能得到各種好看有用的圖片。



示例圖展示

Krona分型圖

微信圖片_20210308105232.png


菌群熱圖

微信圖片_20210308105237.png


菌群堆積柱狀圖

微信圖片_20210308105241.png


親們,生信大師兄的分享就到這里嘍,如果您想了解其他關于生信的知識,請識別下方二維碼關注我們,留言給小編,給您安排的妥妥的哦!


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