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「青蓮百奧干貨」原始數據上傳的那些事!

2021-01-19 00:00:00

在蛋白質組學如火如荼的今天,許多科研工作者在進行涉及到蛋白質組學的研究成果的投稿時,編輯一般會要求作者在第三方平臺上提交蛋白組學的原始數據(“Public availability of data”)。因此客戶寶寶問題就來了:怎么上傳原始數據,上傳到哪個數據庫,都需要上傳哪些數據?今天小編就給大家介紹一下原始數據上傳的那些事。

原始數據上傳到哪?


ProteomeXchange(簡稱PX),是應用較為廣泛的蛋白質組學質譜數據存儲平臺(http://www.proteomexchange.org),旗下包括了PRIDE Archive, MassIVE, PeptideAtlas, and jPOST等平臺,研究者可以根據需要選擇通過ProteomeXchange客戶端直接上傳原始數據或通過旗下平臺進行上傳。其中iProX是國內的上傳蛋白質學質譜數據的存儲平臺(http://www.iprox.org),因服務器在國內,數據上傳的速度相對較快,國內研究者可以選擇該平臺進行數據提交。

圖1.ProteomeXchange以及其旗下平臺



上傳的原始數據包含哪些內容?



上傳的數據集(dataset)一般包括搜索的結果文件、原始質譜數據(Raw data)、實驗信息。其中搜索的結果文件為Peptide / protein identification files肽段蛋白質鑒定文件,稱為“RESULTS”;原始質譜數據為mass spectrometer output files質譜輸出文件,稱為“RAW”,既可以是儀器直接輸出的raw文件,也可以是高度加工過的XML標準形式(mzXML或mzML)文件。另外還需要上傳一些其它參數文件,包括peaklist files文件(稱為“PEAK”),search engine output files文件(稱為“SEARCH”,是Partial submissions提交時所必須的),quantification files定量文件及其他的后加工的文件等。


數據提交的模式怎樣選擇?

IProX提供2種數據提交的方式:一種是依賴于搜索結果文件mzIdentML or PRIDE XML的完整提交方式complete submission(也稱 “supported”),對數據的格式有要求,適合部分數據;另一種是部分提交方式partial submission(也稱“unsupported”),雖然這種模式會明顯降低數據的可見度和重復利用度,但因PRIDE訪問權限問題及數據分析軟件查庫結果格式等影響,partial submission為實際數據上傳過程中更經常用到的模式,適合所有數據的上傳。



數據上傳步驟說明

步驟一:注冊賬號和登錄

進入官網https://www.iprox.org/,點擊右上角的注冊按鈕,填寫所需的賬號名稱、密碼、用戶單位和郵箱等信息,完成后,iProX系統將給用戶填寫的郵箱發送確認郵件,點擊確認鏈接激活后,即可以使用注冊的用戶名(UserName)和密碼(Password)登陸系統。

完成注冊后,點擊首頁“登錄”鍵進入登錄頁面(圖2),使用注冊時填寫的用戶名和密碼,并輸入頁面顯示的驗證碼即可登錄。

圖2.登錄界面


步驟二:創建新項目

iProX提交系統以項目為數據管理單位的(相當于一次完整的實驗研究),一個項目下可以有多個子項目(多次實驗結果)??梢哉J為一個子項目為一個項目下面的一次實驗;如果沒有重復/對照等不同類型的實驗,一個項目下面可以只有一個子項目。

添加新項目的步驟如圖3所示。登錄系統后,用戶可以直接通過首頁上方“Project -> New Project”的方式創建新項目。

圖3.創建新項目

接著填寫創建項目所需的信息,頁面中有“*”標記的為必填項,其他內容為選填項。填寫完信息后點“Continue”保存當前填寫信息進入下一步。

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圖4.創建項目所需填寫信息



步驟三:創建子項目

子項目中大量實驗元信息需要通過標準的控制詞匯表(CV,Control Vocabulary)進行填寫,包括Species、Tissue、Cell type等,點擊“Choose”鍵,在填出的控制詞匯表窗口進行條目選擇,可以通過常用列表選擇條目或者搜索條目進行填寫。

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圖5.創建子項目所需填寫信息



步驟四:上傳數據文件

iProX系統中數據文件在子項目下面上傳。完成子項目信息頁面填寫后點擊頁面下方的Continue進入上傳文件頁面。iProX提供兩種上傳文件的方式:通過網頁直接上傳(Upload by Browse),適合少量并且較小的文件(網頁上傳文件大小不能超過4Gb);通過Aspera插件上傳(upload by Aspera),適合大量較大的文件(不受文件大小和數量的限制)。

選擇好提交數據的方式(Complete submission/Partial submission)和上傳文件方式(Browse/Aspera)后,點擊“Add file”選擇本地要上傳的數據文件,可以同時選擇多個文件;系統會根據文件名后綴自動判斷文件類型,對判斷不正確的文件類型,可以點擊文件后面的下拉菜單進行修改,可為每個文件添加其一個多個關聯的文件。完成上述操作后請點擊“Start upload”進行文件上傳,文件上傳完成后頁面上會出現提示,然后可以點擊“Continue”進入提交頁面。

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圖6.上傳數據




步驟五:提交項目和子項目

點擊下方“submit”鍵后項目(包括子項目)將提交給iProX數據管理員進行發布前審核,審核通過后提交者郵箱和站內信將收到相應通知,此時用戶上傳的數據文件正式完成提交。審核通過后,就可以獲得IProX編號。

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圖7.項目提交



至此,蛋白質組學的數據上傳工作就圓滿完成了,是不是沒有想象中的難~



數據集的引用

原始數據上傳完成后,可以在文章致謝后的"Data Availability"中或者其他位置寫明數據集的訪問信息(URL, project ID),保密的數據集需在郵件里告知編審數據訪問的賬號和密碼。



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